税理士が作成した帳簿のチェックをすること、それだけが税務調査ではありません。
契約書・請求書・領収書・議事録（取締役会・株主総会）などの資料もチェックされます。
パソコン内の電子データについても、提示を求められる可能性があるため、
顧客や取引先別の整理なども十分にしておいた方が良いでしょう。

調査官からみた印象が悪くならないようにすることが重要になります。
調査官に求められた資料やデータの提示がスムーズに行われないと、
会社の資料管理がズサン　⇒　税金の計算もズサンと思われてしまう可能があります。

税務調査のポイントは我々税理士が概ね把握しておりますので、
予め顧問税理士と十分な質疑応答をしておくと良いでしょう。

①コピーをしてあげる
調査官から書類のコピーを求められることがあります。この場合は、こちらでコピーをする旨伝え、同じものを2部コピーしましょう。1部を調査官に渡し、もう1部を税理士が保管しておくようにします。
このようにしておくと、後日電話などで問い合わせが来た場合の対応がスムーズに行えます。

②帳簿などの貸出は必ず税理士に相談
調査官からの要求でも、帳簿などを無条件に貸す必要はありません。
必ず税理士に相談し、税理士に決めてもらいましょう。
貸すことによるメリットとデメリットを良く考え、その上での判断が必要になります。

③税務調査はメモをする
「言った・言わない」でモメることは、色々な場面であるかと思います。
税務調査でもそういった可能性は決して低くありません。
タチの悪い調査官による不当な税務調査は、実際に存在します。事前の対策はしっかりとしておきましょう。

「以前はこれで大丈夫だった」　とは絶対に言ってはいけません！
税務調査は通常3年（期）分を対象としたものですが、法律上では最高7年まで遡ることができます。
もしも上記のように「以前の調査はこれで良かった」と言ってしまった場合、
調査官から「実際に間違っているから否認することは妥当です。前回は否認されなかったのであれば、7年まで遡って否認することになります」と言われてしまうかもしれません。
うっかり口を滑らせないよう、注意してください。

税理士を変更している場合も、特に注意が必要になります。
税理士によって税務処理の方法や考え方が微妙に違います。
事前に新しい税理士に内容を精査してもうようにしておきましょう。

パソコンには触らせない
調査員にパソコンを触らせてはいけません。
もし触らせて欲しいと言ってきた場合は、
「見たい資料はこちらで表示させます」か「プリントします」と答えてください。
調査員は任意である以上、会社や個人の許可なく物品に触れる事は出来ません。
正しい判断をしましょう。

国税庁の発表では、無予告の税務調査は、法人約1割、個人事業主約2割行われています。
突然調査官が会社に来ても、会社に入れる必要はなく、そのまま外で待たせても問題はありません。
すぐに税理士に連絡しましょう。
出来れば、顧問税理士と事前に無予告調査の対応を考えておくとベストかと思います。

もしも来てしまった場合は、税理士に連絡して電話に出てもらい、
「予定があるため税務調査を別の費にして欲しい」と交渉して頂き、
そこで日程を決めてもらうようにしましょう。
日程さえ決まれば、調査官が今すぐ税務調査をしなければならない理由はなくなります。

反面調査とは、税務署が税務調査の対象となっている納税者の取引先などに電話などで質問する、
あるいは直接赴いて帳簿などを調べることをいいます。

しかし、国税組織も調査官もむやみやたらと反面調査に行かないように、
内部規則を作り周知徹底をしています。
しかし、周知徹底をはかっていても、内部規則を知らない調査官がほとんどといって良いでしょう。
調査員が意味もなく、取敢えず反面調査に行くと言った場合は、国税局の内部規則を知っているか調査員に確認ししてください。
不要な反面調査を回避することが可能です。